С одной стороны,

однозначно можно, потому что СДО Moodle — это система с открытым кодом на доступном вам и вашей организации сервере.

Она представляет собой базу данных, которая может быть интегрирована с любой подходящей системой специалистами соответствующей квалификации.

Например, СДО Moodle неплохо интегрируется с 1С: Университет.

С другой стороны,

Интранет у всех разный, и задачи интеграции с СДО Moodle различаются, и ИТ-специалисты разные. Поэтому заранее сказать, насколько легко это сделать именно вам, не получается. Придется разбираться в каждом конкретном случае.